Nació en Moyobamba, provincia de San Martín, el 16 de enero de 1861. Fueron sus padres Augusto San Martín y Martina Peña. Siendo muy joven, sus padres lo enviaron a la Escuela Preparatoria de la Marina de Guerra, en el Callao, a la cual ingresó en febrero de 1876.
Se encontraba como aspirante en el monitor “Atahualpa” al empezar la guerra con Chile en 1879. Fue ascendido a Guardiamarina en noviembre de dicho año. En 1880 formó parte de la dotación de la lancha “Independencia”, comandada por el Teniente Segundo José Gálvez; a bordo de la mencionada lancha asistió a las operaciones en contra del bloqueo que los chilenos habían impuesto al puerto del Callao.
Su acción gloriosa tendrá lugar durante las primeras horas del 25 de mayo de aquel año. Junto con el comandante José Miguel Gálvez y el practicante de medicina Manuel Ugarte, trabaron combate con la “Janequeo”, lancha enemiga que los superaba en tamaño y andar, apoyada a su vez por la lancha “Guacolda”. Habiendo quedado inutilizado, para su mala fortuna, el armamento que llevaban a bordo, no les quedó más remedio que acercarse a la “Janequeo” y levantar en peso una bomba que arrojaron sobre dicha lancha, haciéndola estallar con disparos de revólver. Ambas lanchas, la “Independencia” y “Janequeo” se hundieron, y en esta acción Emilio San Martín perecerá sin que se pudiera recuperar su cuerpo.
