Haber encabezado en el Cusco la mayor rebelión contra el sistema de gobierno español que imperaba en ese entonces, en protesta contra las malas autoridades, los abusos y la explotación extrema de los indígenas, fue motivo de la pena recibida.
José Gabriel fue descuartizado tras ser tirado por cuatro caballos y decapitado luego de presenciar el exterminio de su familia. Micaela Bastidas fue ahorcada y golpeada hasta morir.
La rebelión la inició como respuesta a las penurias que pasaban los indios cuando trabajaban en las minas (mitas) en las que morían muchos de ellos. Túpac Amaru II buscó negociar con las autoridades españolas la liberación de los indios, lo cual fue negado.
Sin embargo, su muerte no fue en vano, ya que las causas que motivaron su rebelión fueron consideradas para efectuar cambios en el sistema político-administrativo, traduciéndose en la supresión de los corregidores, instaurándose el régimen de las intendencias. Además, se creó la Audiencia del Cusco, donde se ventilaban casos de abusos en contra de los indígenas.
